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Huma-Num met à disposition des Environnements Serveur de développement et de publication de R

Huma-Num - 17 Février, 2017 - 13:57

La très grande infrastructure de recherche Huma-Num a le plaisir de vous annoncer la mise à disposition de deux environnements de développement pour le logiciel R : R Studio Server Pro et Shiny Server Pro. R est à la fois un langage de programmation et un logiciel très utilisé dans le traitement de données et l’analyse statistique, y compris en sciences humaines et sociales. Le champ d’application de R est très large et va bien au-delà du champ de la statistique pure (notamment la cartographie).

R Studio permet l’utilisation du langage R dans un environnement graphique et de déporter l’exécution sur un serveur distant. Shiny permet de publier des analyses sous forme d’applications web à partir du langage R (voir des exemples ici : http://shiny.rstudio.com/gallery/).

Qu’est-ce que R Studio Server Pro ?

La version serveur de R Studio reprend l’ensemble des fonctionnalités de la version libre Desktop et y apporte les avantages suivants :

  • L’IDE s’utilise directement via un navigateur web sans nécessiter d’installation particulière sur l’ordinateur
  • Le traitement bénéficie d’une mémoire vive importante (>64Go)
  • Les projets peuvent être partagés entre différentes personnes titulaires d’un compte sur le serveur.
  • Il permet de préparer le projet et les données dans le même contexte que le serveur, avant de les faire exécuter en tâche de fond pour les calculs longs (plusieurs jours voire semaines de traitement)

Qu’est-ce que Shiny Server Pro ?

La version Pro de Shiny est assez similaire à la version libre de Shiny, mais elle permet une exécution simultanée des applications. Les versions Pro de Shiny et R Studio Server ont la particularité de pouvoir utiliser des versions multiples et différentes de R suivant le contexte.

Expérimentation

Les licences Pro de R Studio et Shiny acquises par la TGIR Huma-Num ont un cout de fonctionnement annuel important (>10K€/an). Elles ont été demandées par un certain nombre d’utilisateurs des communautés SHS. Avant d’engager plus de moyens, nous expérimentons la mise à disposition de ces outils pendant huit mois en situation réelle de production. Nous évaluerons en octobre 2017 si les ressources mises à disposition sont utilisées et si elles présentent une véritable utilité scientifique (c.-à-d. qu’elles ne soient pas simplement utilisées pour des tests ou de l’auto-formation) avant de procéder à la reconduction de ces licences.

Ex. d’une app. sous Shiny


Par ailleurs, nous n’avons pas acquis de licence R Connect qui permet d’ajouter un simple bouton “Publish” dans R Studio et qui effectue la préparation du projet pour publication. La publication sous la forme d’App Shiny et/ou la création d’un job de traitement devra s’effectuer de façon manuelle.

Autres outils de traitement de données en SHS

La TGIR Huma-Num met à disposition un ensemble d’outils de traitement des données sous la forme d’applications web ou de logiciels à installer sur un ordinateur personnel. La liste est consultable ici : http://www.huma-num.fr/services-et-outils/traiter

Comment accéder à ces outils ?

Pour accéder à ces outils, merci d’écrire à cogrid@huma-num.fr avec en précisant les éléments* ci-dessous :

Nom, Prénom
Laboratoire de rattachement
Statut (i.e doctorant, enseignant-chercheur, chercheur, ITA, IATOS)
Cadre/s d’utilisation (programme de recherche, recherche dans le cadre d’une thèse)
Description courte (< 5 lignes) du/des cadre/s d'utilisation
Type de compte demandé : R Studio Web ou R Studio Web + Shiny

Sauf avis contraire ou demande particulière, il sera communiqué un compte standard nominatif qui permettra de se connecter à l’instance de R Studio Server, ainsi qu’en SSH et, de façon optionnelle, une URL de publication d’application Shiny sous la forme https://analytics.huma-num.fr/prenom.nom/
Afin d’assurer la stabilité des applications, l’exécution des processus utilise exclusivement des versions prédéfinies du langage R (actuellement R 3.3.2 et R 3.2.5) directement compilées sur nos serveurs et à un certain nombre de packages standards (environ 180). L’installation manuelle de package est permise.
Les versions existantes au moment de la préparation du serveur seront conservées, les nouvelles versions de R seront installées au fur et à mesure. A notre que dans R Studio, l’utilisateur peut directement changer sa version de R. Dans Shiny, il faudra demander à changer la version d’exécution, car celle-ci est fixée au lancement du serveur.

En savoir plus sur le langage R :

* : déclaration en cours auprès du CIL du CNRS.

Le discours hagiographique en milieu régulier

Calenda / Digital humanities - 17 Février, 2017 - 00:00
Le Centre européen de recherche sur les congrégations et les ordres religieux (CERCOR) a le plaisir d'annoncer la reprise de ses universités d'été. La session 2017 aura pour thème « Le discours hagiographique en milieu régulier. Outils, méthodes, problématiques (Moyen Âge, Temps modernes) ». Elle se déroulera à l'université Jean Monnet, Saint-Étienne, du 5 au 7 septembre 2017.

Ludovia 2017

Calenda / Digital humanities - 17 Février, 2017 - 00:00
Le colloque scientifique Ludovia consacré aux objets et pratiques numériques se tiendra du mardi 22 au jeudi 24 août 2017 à Ax les Thermes (Ariège - France). Pour sa treizième édition, le colloque Ludovia, lieu d’échanges et de réflexions, poursuit son exploration des problématiques posées par le numérique dans les pratiques éducatives et/ou ludiques. Que ce soit en production ou en réception, les réalisations sont des creusets de synergies convoquant des approches pluridisciplinaires (arts, informatique, sciences de l’éducation, sciences cognitives, sciences de l'information et de la communication, etc.).

(Humanités)^n

Calenda / Digital humanities - 16 Février, 2017 - 00:00
Le statut des Humanités dans le contexte contemporain, dévalorisées par rapport aux sciences dites « dures », exactes ou appliquées, continue d’engager un débat profond multi- et transdisciplinaire sur leur importance en tant que savoirs et garde-fou contre une déshumanisation de la culture, et particulièrement de la culture scientifique, plus précisément au moment où la critique amorce un tournant éthique et manifeste un souci axiologique.

Le crowdsourcing pour partager, enrichir et publier des sources patrimoniales

Calenda / Digital humanities - 14 Février, 2017 - 00:00
On ne peut qu’être frappé par la variété des projets de crowdsourcing dans le domaine des sciences humaines (de « Transcribe Bentham » à « Zooniverse », en passant par Wikipedia) et de leurs objets, mais également par la diversité des « foules » qui apportent leur contribution. Un grand nombre de questions se posent à ce sujet, scientifiques, sociologiques, mais aussi éthiques : est-il possible de trouver des lignes directrices communes à ces projets si divers par leurs objets, leurs objectifs, les données produites, les contributeurs impliqués ? Nous souhaitons donc, à l’occasion de ce colloque international et interdisciplinaire, confronter théories, réflexions et partages d’expérience sur ce sujet.

9th TextGrid. DARIAH user meeting

Calenda / Digital humanities - 14 Février, 2017 - 00:00
On 21 and 22 March 2017, the 9th TextGrid. DARIAH User Meeting will take place at the Bavarian Academy of Sciences and Humanities (Bayerische Akademie der Wissenschaften) in Munich. The conference focusses on digital editions and geographic data. As at the 8th User Meeting, the event will provide an opportunity for beginners to become acquainted with TextGrid by processing typical use cases.

Thesaurus building

Calenda / Digital humanities - 13 Février, 2017 - 00:00
The topic of the workshop will be "Building Multilingual Theasauri" and will focus on the presentation of the greek web tool THEMAS (Thesaurus Management System), which was developed within the framework of DARIAH-Gr project. The workshop is intended for the humanistic scientific community and for GLAM institutions (archives, libraries, museums) to wich theasauri are necessary not only for the organization of knowledge and information in general but are also an important factor in ensuring the sustainability of e-infrastructures.

DARIAH "Virtual Competence Centre" head position

Calenda / Digital humanities - 13 Février, 2017 - 00:00
DARIAH-EU is calling for applications for one vacant "Virtual Competence Centre" head position: VCC3 - Scholarly Content Management. The main task of a VCC head is to work closely with DARIAH Working Groups. Together with DARIAH’s Chief Integration Officer all VCC heads form the Joint Research Committee (JRC), one of the operational organs in the DARIAH governance.

Ouverture de data.persee.fr

Calenda / Digital humanities - 10 Février, 2017 - 00:00
Pour affirmer sa position d’acteur de la dynamique nationale d’ouverture des données, Persée ouvre un triplestore, data.persee.fr. Ce triplestore entend ainsi répondre aux besoins de constitution de corpus complexes, de fouille de textes dans un environnement de données liées.

Assemblée générale du consortium MASA – 7 mars 2017 – Lyon

Huma-Num - 7 Février, 2017 - 13:44

L’assemblée générale du consortium se tiendra le

 7 mars 2017 de 10h00 à 12h30
à la Maison de l’Orient et de la Méditerranée Jean Pouilloux, 86 rue Pasteur à Lyon

Salle Joseph Reinach

Ordre du jour :

  • Présentation du projet à 4 ans
  • Actions 2017 actuellement programmées
  • Présentation, par chaque partenaire, de ses projets pour 2017
  • Livrables
    • Guides de bonnes pratiques
    • Organisation des actions de séminaires et formations

Inscription obligatoire par email à Laurence Rageot dans la limite des places disponibles

Heritage Culture and Digital Humanities: A Bond between the Old and the New

Calenda / Digital humanities - 7 Février, 2017 - 00:00
As a follow-up to the realizations from a previous scientific symposium on the “Old Book — Cultural-Historical and Scientific Source” (Osijek, October 25 and 26, 2013) and the second interdisciplinary scientific symposium with international participation titled “Literary Heritage Nowadays” (Osijek, November 6 and 7, 2015), by virtue of this conference the organizers would like to facilitate their in-depth analysis and upgrade while especially providing their contribution to a continued study of the opus of the Franciscan esthetician, philosophical-theological writer, Latinist, historian and translator Emerik (Mirko) Pavić (1716 – 1780), whose selected works were dispatched to be digitized within the aforementioned project, on the occasion of his 300th birth anniversary.

DARIAH-DE DH-Award 2017

Calenda / Digital humanities - 7 Février, 2017 - 00:00
The DARIAH-DE DH Award 2017 aims to distinguish innovative research by young scholors from the arts and humanities, computer sciences and information sciences working on digitial resources or methods. DARIAH offers three prizes of 600 EUR each, to be awarded at the DARIAH-EU annual conference in Berlin, April 2017.

DARIAH partners are seeking researchers for big data project

Calenda / Digital humanities - 3 Février, 2017 - 00:00
DARIAH partners Data Archiving and Networked Services (DANS) and Trinity College Dublin (TCD), as well as the Free University of Berlin (FUB) are pleased to announce their recruitment of three linked 12-month researcher positions.

Huma-Num à la MSH Alpes

Huma-Num - 2 Février, 2017 - 22:07

La MSH Alpes (Grenoble), à travers différentes actions qui seront programmées cette année, souhaite faciliter l’accès aux Humanités Numériques ou aider à en approfondir la pratique pour les membres de la communauté scientifique grenobloise en Sciences humaines et sociales.
Ces actions se déclineront selon plusieurs modalités, entre les mois de mars et juin 2017 : informations, conférences, école d’été, pour lesquelles nous vous communiquerons les détails dès que possible.

Dans un premier temps, la MSH Alpes organise, jeudi 16 mars, une journée d’information et d’échanges avec la TGIR Huma-Num.

Cette journée comportera une présentation générale de la TGIR Huma-Num, de ses consortiums, services et outils, suivie d’une rencontre avec les enseignants chercheurs, chercheurs, doctorants, ingénieurs désireux d’échanger sur l’adéquation des services de la TGIR Huma-Num avec leurs projets respectifs.
L’après-midi sera réservé à des rencontres individuelles avec des porteurs de projets autour de projets précis et à des échanges avec les membres et l’équipe technique de la MSH-alpes.

Intervenants de la journée : Elifsu Sabuncu (en charge des questions d’appropriation des services d’Huma-Num) et Stéphane Pouyllau (directeur technique).

Inscription en ligne sur le site de la MSH Alpes.

Photo : Laurent Espitallier CC BY 2.0

Atelier Retour d’expérience du 14 février : « Nettoyer des données » avec le logiciel OpenRefine ou d’autres solutions (PERL, Python, SQL)

AHN de l'ENS de Lyon - 31 Janvier, 2017 - 16:36

Crédits : Laverie rue Custine (stef niKo), CC BY-SA 2.0

Le nettoyage de données vise à repérer des informations erronées, incomplètes ou manquantes (erreurs de saisie, doublons, formats incorrects…) dans des fichiers ou bases de données et à les corriger.
Cette séance s’intéressera à ce type d’opérations à travers notamment des retours d’expérience sur l’utilisation du logiciel libre OpenRefine.

 

Plan de la séance :

  • Introduction (Carole Boulai, Triangle)
  • Présentation d’OpenRefine, logiciel libre de nettoyage de données et retours d’explorations et de pratiques (Emmanuelle Morlock, HISOMA)
  • Cas d’usage d’OpenRefine avec des données du projet Siprojuris et retour d’expérience sur des solutions alternatives (PERL, Python, SQL) (Séverine Gedzelman, Triangle)
  • Temps d’échange

Cet atelier aura lieu de 9h30 à 12h à l’ENS de Lyon (site Descartes), salle R20.

XIe édition de la journée jeunes chercheurs en sciences de l'information et de la communication (2017)

Calenda / Digital humanities - 31 Janvier, 2017 - 00:00
L’objectif de cette journée est de promouvoir les échanges sur les thématiques de recherche, les positionnements épistémologiques et questionnements méthodologiques, mais aussi de favoriser une rencontre entre les membres – enseignants-chercheurs et doctorants – des différents laboratoires. L’appel s’adresse donc aussi bien aux doctorants en début qu’en fin de thèse. Chaque édition invite deux conférenciers en sciences de l’information et de la communication (SIC) qui présentent leurs travaux et leurs approches sur des thématiques innovantes en SIC.

Médias sociaux en gestion d'urgence et cartographie participative

Calenda / Digital humanities - 30 Janvier, 2017 - 00:00
Cette journée d'étude vise à débattre du rôle des médias sociaux et de la place de la cartographie participative dans la gestion des crises et des urgences, pour discuter des effets territoriaux de ces outils et pratiques, ainsi que de de la place des citoyens dans la gestion des crises.

Inauguration de la fédération Informatique de Lyon

LIRIS - 25 Janvier, 2017 - 15:03
Inaugurée le 24 janvier 2017, la Fédération Informatique de Lyon (FIL) a pour mission d’animer l’importante communauté scientifique de l’agglomération afin d’impulser une meilleure dynamique de projets et une politique concertée. Elle compte trois laboratoires de rayonnement scientifique international, sous la tutelle de neuf établissements d’enseignement supérieur ou de recherche . Au-delà de leur aspect fondamental, les sciences informatiques lyonnaises alimentent des projets à forts enjeux économiques, territoriaux ou sociétaux. Elles contribuent de manière conséquente à la signature scientifique de l’Université de Lyon.

Atelier Retour d’expérience : Développer des logiciels en SHS. Retour réflexif et échange d’expériences

AHN de l'ENS de Lyon - 24 Janvier, 2017 - 11:11

Lundi 30 janvier 2017
De 14h00 à 16h00
ENS de Lyon – Site Descartes – Salle R20

Cette séance sera consacrée aux expériences de la conception d’outil dans le cadre de la recherche en SHS.

 Christophe Lejeune,  chercheur sociologue de l’Université de Lièges et auteur de l’ouvrage « Démocratie 2.0. Une histoire politique d’Internet » et du « Manuel d’analyse qualitative, sans compter, ni classer » témoignera de son propre retour réflexif sur la conception et le développement de Cassandre (http://www.cassandre.ulg.ac.be/), une plateforme libre pour l’analyse qualitative à plusieurs. Initialement centrés sur la construction de registres (sorte d’étiquetage semi-automatique affiché en concordance), ses développements se sont progressivement recentrés sur le journal de bord.

Chacun autour de la table pourra témoigner des différents aspects du contexte de développement de son/ses outils,  détailler quelques fonctionnalités et présenter les formes de coopération que cela implique plus spécifiquement entre chercheur(s) et ingénieur(s), les effets produits dans cette nouvelle dialectique.

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